上海质子重离子医院位于上海市浦东新区国际医学园区内，总占地150亩，共设床位220张。它是一所集医疗、科研、教学于一体的现代化、国际化肿瘤中心。
上海市质子重离子医院暨复旦大学附属肿瘤医院质子重离子中心，可收治病种范围扩大到32种，基本覆盖国内肿瘤发病率前10位病种。
中心前期已制订的26种疾病27项规范得到优化，同时新制订了6种肿瘤疾病19项质子重离子放射治疗标准操作流程规范。优化后的方案粒子诊疗次数有了明显缩短，例如针对局限期前列腺癌的重离子治疗次数，已由原先的20多次照射缩短为16次。
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