①育苗成本比裸根苗高。据报道，容器黑松苗的成本比裸根苗高60%左右，但是如果
将由于采用容器苗而提高的成活率和生长量所节约的成本折算进去，容器育苗的成本不一定高很多。
②育苗技术复杂，如营养土的配制和处理等比一般苗圃育苗复杂，而且费工，要求育苗人员有较高的技术水平，而且，要求日常管理比裸根苗更为精心细致。
③容器苗的全部根系局限在很小的容器里，如不注意会出现苗木根系在容器内盘旋生长现象，造林以后容易形成畸形根系，有时会影响人工林后期生长和稳定性。
④容器苗并不是在任何条件下都比裸根苗强。因为容器苗比裸根苗小，木质化程度差，造林后易受杂草欺压，有时成活率或保存率反而低。因此不适宜在杂草竞争激烈的地方造林。
⑤容器育苗运苗费用高。
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