治疗原则，肛瘘的治疗原则需根据肛裂发生的机理，以及肛瘘的解剖结构制订。
1、清除内口：手术时要找到原发的内口，并把感染的肛窦、肛门腺及其导管切除干净，这是肛瘘治疗的关键。
2、处理好瘘管及支管、死腔：要把瘘管的管道、支管、死腔等清除干净，以免术后复发。
3、保留肛管直肠环：肛瘘手术时，应明确诊断，查明内口及瘘管走向，保留肛管直肠环，以维持正常的肛门括约功能。
在具体手术操作中，一定要仔细寻找到内口，并防止切断肛管直肠环。
治疗方案。
肛瘘不能自愈。不治疗会反复发作直肠肛管周围脓肿。因此必须手术治疗。治疗原则是将瘘管切开，形成敞开的创面。促使愈合。手术方式很多。手术应根据内口位置的高低、瘘管与肛门括约肌的关系来选择。手术的关键是尽量减少肛门括约肌的损伤，防止肛门失禁。同时避免瘘的复发。
1、瘘管切开术是将瘘管全部切开开放。靠肉芽组织生长使伤口愈合的方法。适用于低位肛瘘，因瘘管在外括约肌深部以下。切刀开后只损伤外括约肌皮下部和浅部，不会出现术后肛门失禁。
手术在骶管麻醉或局麻下进行，患者侧卧位或截石位，首先由外口注入美蓝溶液，确定内口位置，再用探针从外口插入瘿管内。了解瘘管的走行情况及与括约肌的关系。在探针的引导下，切开探针上的表层组织，直到内口。刮去瘘管内的肉芽组织及坏死组织，修剪皮缘，使伤口呈内小外大的v形创面，创口内填入油纱布，以保证创面由底向外生长。
2、挂线疗法是利用橡皮筋或有腐蚀作用的药线的机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘的方法。适用于距肛门3至5厘米内，有内外口低位或高位单纯性肛瘘，或作为复杂性肛瘘切开、切除的辅助治疗。被结扎肌肉组织发生血运障碍，逐渐坏死、断开，但因为炎症反应引起的纤维化使切断的肌肉与周围组织粘连。肌肉不会收缩过多且逐渐愈合、从而可防止被切断的肛管直肠环回缩引起的肛门失禁。手术在骶管麻醉或局麻下进行，将探针自外口插入后。循瘘管走向由内口穿出，在内口处探针上缚一消毒的橡皮筋或粗丝线。引导穿过整个瘘管，将内外口之间的皮肤切开后扎紧挂线。术后要每口坐浴及便后坐浴使局部清洁。若结扎组织较多，在3至5天后再次扎紧挂线。一般术后10至14天被扎组织自行断裂。
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