2007年5月8日：开始营运台北到花莲间的路线，并创下该区间最快行车时间纪录。 2007年6月25日：原行驶东部干线通勤时段的1062次太鲁阁列车，因不售站票导致通勤旅客无法上车或强行搭车，造成乘车秩序混乱，故从当日起与1064次自强号互换车型。 2008年2月2日：第二批进口的TEMU1000型倾斜式电车，将于2008年春节以加班车的方式行驶台北至员林间的直达太鲁阁列车，该加班车创下台铁有史以来于此区间最短行车时间的纪录。 2008年2月25日：2008年春节期间以加班车方式行驶的花莲至员林(后因员林站进行高架化工程无法提供车辆长时间停靠，自2009年10月27日起延驶至田中)间的太鲁阁列车改为定期班次，每天来回各一班。 2008年3月1日：台铁宣布日后将提供一列太鲁阁列车作为包车使用，供机关团体、公司行号搭配旅游及商务行程使用，称为“太鲁阁专车”；但是，逢周五六日或连续假日时，太鲁阁列车将会全数上线营运，此时是无法包车的。 2008年5月15日：大量增发定期班车。 2008年10月24日：因东部干线假日的运能严重不足，逢周五到周日时一日将增开4班次。 2009年5月30日：由花莲开往台北的1069车次太鲁阁号，才出发没多久，就在丰川路段撞上疑似穿越铁轨的男子，男子当场死亡。 2010年9月20日：1087车次南下太鲁阁号列车，从台中丰原站出发后不到3分钟，在丰南段撞上1名林姓女子，女子当场死亡。 2010年12月22日起，新时刻表标示变更为太鲁阁列车。 2011年10月10日：第282次由彰化往花莲的太鲁阁号在台中市圆通南路平交道,撞翻一辆闯越平交道载有大批冷冻鹅肉的货车,货车司机逃过一劫没受伤。 2012年1月17日：第278次由田中开往花莲在埔心车站南方幸福水泥平交道撞上闯越平交道的砂石车，火车车头全毁，司机身亡，并导致假日班次只能以其他车种代替。
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