在实验研究上，对结晶体舍利子的形成目前没有定论。大多解释只是根据现有科学原理来推测。所以，关于舍利子的成分讨论以及其颜色形成，至今仍是个争论的话题，一般说来，所有现存舍利子不一定是一种原因形成的，但有一个共同因素就是——焚烧。
关于舍利子形成的几种争议说法：
1.饮食习惯
有认为舍利子的形成是由于僧人长期素食，摄入了大量纤维素和矿物质，经过人体的新陈代谢，极易形成大量的磷酸盐、碳酸盐等，最终以结晶体的形式沉积于体内而形成。反对的说法是，世界上有不计其数的素食者，但是并无舍利子出现。
2.人体骨骼残余
人体骨骼在烧灼时可能会出现各种形状的重结晶现象。人体有很多细小骨骼（如指骨、趾骨或耳道内的微小骨骼），少量骨骼经燃烧后因重结晶而产生结晶外观的“舍利”。这种可能性是存在的。（据台湾某佛教网站信息：1998年他们与台湾中科院合作分析了一位高僧的舍利子，发现主要为人骨的成分。而别的科学研究也侧面证明了骨骼说。）此外，牙齿也是死者携带的随葬品。牙齿的成分也包括很多无机盐，其中牙骨质部分与骨骼成分相似，因此也有人推测牙齿是舍利子的来源。
3.人体结石
有人将舍利子解释为结石。人体的结石中，胆结石的主要成分是大分子有机物（胆固醇、胆红素）和少量碳酸钙；肾结石和膀胱结石的主要成分是钙盐（草酸钙、磷酸钙）和别的矿物盐、尿酸等。其中，后者与骨骼的无机成分（含钙和磷酸根的无机盐）有相似之处。但是，作为结石主要成分的钙质和少量金属盐沉淀，在高温下会变成粉末状氧化物；其次，反对的观点认为人体内结石数量极少，并且会导致难以忍受的剧烈绞痛，患者不可能长期忍受痛苦而不延医求治；再者，不少结石症患者死后火化无一例有结晶体存在，况且出舍利子的高僧生前几乎都是身体健康、安详自在的长寿老人。
4.随身物
舍利子的形状千变万化，颜色也各不相同；舍利子有的像珍珠，有的像玛瑙和水晶；有的透明，而有的像钻石一样光彩照人，这样的形态并非自然生成物。而高僧在火化的时候，有的会佩戴有生前的随身物品，此外还有一些信徒的供奉物，这些伴随高僧火化的物品中有许多珍贵的宝石，宝石主要组成成分就是二氧化硅。 这些东西都会随着高僧的遗体一起进入火化炉。 在火化炉的高温条件下，这些二氧化硅会被溶解，并与人体骨骼中的碳酸钙发生化学反应，生成类似于骨瓷、琉璃、陶瓷之类的物品，舍利子有可能是以这样的方式形成的。
5.温度控制
有说法认为，相对低温的火化才会形成舍利子，比如古代用木柴做燃料，东南亚国家使用的传统火化炉则可以产生大量舍利花。专业人士分析过坑面式火化机与炉条式火化机焚化效果的区别，也指出还有存在矿炉渣。而近年来，许多留下舍利子的高僧大德，其实是用现代化的殡仪馆用程控火化炉焚化的。所以舍利子的形成被认为和火化的温度控制存在关系。
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