败血症的治疗主要就是针对病原进行治疗，病原治疗应该个体化，根据药物敏感试验选择抗菌药物：如果是不产青霉素酶的金葡菌或A组溶血性链球菌感染，可选用青霉素、半合成青霉素苯唑西林、头孢噻吩或头孢唑林。如果是B组溶血性链球菌，选择第一代头孢菌素。如果是金葡菌败血症，可选用万古霉素或替考拉宁。
其次，祛除感染病灶，脓肿应切开引脓，胸腔、腹腔和心包腔等脓液，应酌情穿刺抽脓，或手术引流。胆道和泌尿道梗阻者应手术治疗。与此同时，注意酌情物理降温。感染性休克者扩容、纠酸、血管活性药物和肾上腺皮质激素治疗。维护心、脑、肾、肺等重要器官功能。
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