2000年9月4日 8:18分PM 洛杉机M.I.S.T Centre
游戏一开始，玩家可选择继续练习射击，玩后到武器弹药室，谈话后到停车场谈话选2，即可出发到达出事现场Akroplis Town。
2000年9月4日 8:56分PM Akroplis Town
这里的机关简单，我也不必再写了，总之到达最顶部时会与BOSS战斗，战斗期间可利用电线电击敌人。
2000年9月5日 1:44分AM 洛杉机M.I.S.T Centre
Akroplis Town已被炸毁，而Aya与Rupert亦返回了总部，上师Eric Baldwin对他们今次的任务为赞赏。而他从报纸上得知沙漠现有死去的噶怪物尸体，于是便派Aya前往沙漠Dryfield作出调查。当Aya到停车场时会遇上Pierce，把当日取得的ィソプラソト·バ-ツ作研究，发现原来那是个发讯机。 2000年9月5日下午 Dryfield
到达Dryfield，发现这里空无一人，只有怪物出没。在Factory角落的开关，按Turn便可打开车间的门，调回原为时记得按Up之后才按Turn。
进入车间后看到一名男子Douglas，谈话后取得Room 6的锁匙，而Room 6在 2楼。到达Room 6，在露台看见给水塔，从露台的楼梯下去，解决敌人后水塔会放下梯子，到达水塔上部遇见一名男子Kyie·Madigan，自称是私家侦探，来这里的目的是调查怪物事件。再往水塔顶部，取得可打开「Gen & Roy」大门的锁匙，在那里的洗手间可取得地图。在那里的雪柜里可取得磁石锁匙扣(王冠マグネツト)。然后到给水塔于Factory连接的通道，按下对讲机，Douglas说锁匙在门口左边的地下，这时使用磁石锁匙扣(王冠マグネツト)即可。
从车间的侧门走到废铁场(Junk yand)，跟着那只狗就会遇到Douglae，在那边可买到不同的道具，还可以取得避难所的情报。这时听到一声惨叫，Douglae说是来自杂货铺那边，但那边是锁住的，唯有从古井那边过去。Aya跟着Douglae的狗去拿绳子，用来落下在Driveway的井底。在井底会于到一只透明的怪物，十分难打(小心)。 通过地道到达杂货铺的后门，可先解除门锁到外边SAVE。从杂货铺的侧门走到Back Street，走到那间有怪物的废屋，但是那里的门被锁住了，Aya 唯有到房间Warehouse看看，在房间里发现柜是可打开的，但是无(士巴拿)。找Douglae帮手，他说在Garage的右上方的架上有(士巴拿)，取得后返回房间，使用(士巴拿)打开到达隔离的房间，在那里会遇到上一关的BOSS，再次与他决战。BOSS倒下时发出刺耳的叫声，Aya受到刺激而晕倒。 醒来时遇到Kyle，并与他一起上路，正当大算乘车离开时，车子已被怪物破坏了。去找Douglae，向他说「車を貸して」，便会得到Lobby的锁匙(ロビ-の鍵)。到Lobby的收银机输入密码(3033)，就可以取得万用锁匙。这个密码可从1、2号房及Lobby中的图画推断出来。进入2楼的Loft，可以取得空的汽油罐，在夹万中输入(4487)，便可取得令水魔法提升一级的道具。到Gas Station注入汽油，再交给在Garage的Douglae，他说车子要修理，叫Aya到Room 6休息。休息后便会与BOSS战斗，所以建议先 SAVE。战胜后在Main Street中找到Douglae，便可得到他的车匙，再到 Garage，会看见Kyle，他说出一些关于线粒体的事，之后二人向着避难所出发。 2000年9月6日 12:06分 Mine
Aya及Kyle二人到达避难所后，不幸受到怪物的围攻，Kyle更受伤了，Aya 只好一人应战，打倒大概十来只的怪物后便可向矿洞进发，如果不敌的话也可先进入去暂避。入到矿洞后却开不到Kyle，一直向前走，在Gorge中发现路轨断了，再走到Forward Tunnel开动矿车，走到尽头拿走木板，铺在上面便可通过。走到Refuge，在尽头发现打开门的机器，先拿走最下面的 Jumper(ヅャソバ-)，然后装到第二个电路上，再开左下方的电源，便可成功打开两道门。再到Cavern，会看到中BOSS。战后，原本门是开了，但不知为何电源被切断了，于是返回Refuge再次接线。今次只要将Jumper放在第一和第四个位置，在门旁边的电车上选「スィツチを押す」便可打开门。
通过Secret Passage到达避难所的Elevator Hall，途中会有武器弹药库，可以补给弹药。然后一直走到Sterlizayion room，Aya会再次想起以前的事......利用转角的电梯到达B2 Shelter。Aya的目的地是B2F的处置室，但那里的门却锁住了，需要card key才能开启。返回B1 Shelter的消毒除去室，突然会有消毒气体喷出，而两边的门也锁上了，这时先调查南面的门旁边的对话机，要求对方关掉装置，但对方却没有理会，Aya唯有到刚才进入的门旁边的垃圾桶，那桶是用来废弃消毒服的，虽然跳下去会有一定的危险性，但这时也不容细想了。跌下后向前走会与BOSS战斗。战后向前走，如果刚才按到制的话，调查大门两次便可进入Incinaerator Control Room。在里面看到Kyle了，二人便一起行动。到达水库时输入密码18便可开启，进入Reservoir时向左面的门走，走到一部电梯前，利用这部电梯可返回B1F。这时Kyle说不如分开行动，并将一张card key交给Aya，这样便可以解除B2处置室的锁了。通过处置室到研究室，看到两个实验箱，上面的名字竟然写着Aya和Eve......在房间的手提电脑中输入「A3EILM2S2Y」，然后电脑会随机问玩者三条问题，必须全部答对(看下面)。随后，Aya问了电脑一些关于今次事件及ANMC的情报，然后电话响起，原来是Kyle打来，他将着里的地图传送给Aya。在走廊A中会遇到一只怪物，打倒后取得card key，可以开启Elevator Hall另一边的门锁。
「手提电脑答案」 (B：FBI)、(C：母系遗传)、(A：ATP)、(B：甲壳类)、(C：ドラィフイル-ド)、(B：ミトコソドリァ·ィブ)、(B：モハ-ヴェ沙漠)、(A：メリツサ·ビァス)、(B：ミトコソドリァ)、(B：バクタ-)、(C：キョミ·ナカヅマ)
到B1F的Pop Service Cantry，可在右上方的电脑中解除这里的门锁，选择右上方的Camera A、C、E，在三处分别按左下方的「Operate」便可以，这样便可以通往地下停车场，在停车场得到锁匙，便进入避难所的更下层了。 [最终回]
在AKROPOLIS TOWER的任务中，于ROOF GARDEN中会有名SWAT的队员倒在地上，这时如果在他身上调查两次的话，便可以得到一张「ブラツクヵ- ド」。利用这张卡可进入SHELTER B1的武器库。
在SHELTER B4的下水道上部尽头，有一个密码锁，只要输入「15」，在水道的门锁便会打开，这条路是通往DRY FIELD的，大家可以取回以前放在车尾箱中的道具，而且在那里有不少怪物。
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