由于患者的具体情况不同，选择的治疗方式及治疗的药物可能有所不同： 常用的治疗药物有红霉素、克拉霉素、阿奇霉素等，其中，红霉素为首选。
用药有口服和静脉滴注等几种方式，红霉素一般不用于新生儿； 克拉霉素对于百日咳的治疗，也有一定的效果，用药时要注意预防呕吐、恶心等不良反应； 阿奇霉素也是治疗百日咳时的常用药物，用药时要注意预防致命性的心律失常等不良反应。
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