营养缺乏症的诊断取决于饮食史、体检、生化检查和治疗试验。
肌酐/身高指数：肌酐是全身肌肉的分解产物。正常情况下，日排出量相对恒定。当蛋白质储存下降时，肌肉萎缩，导致肌酐产生量减少，因此肌酐/身高指数减少。h尿中肌酐排出除以身高对应的中等体型理想肌酐排出，实际排出为理想排出的百分比。诊断标准为：＞90％正常；80～90％为轻度营养缺乏；60～80％；中度营养缺乏；＜60％；严重缺乏营养。褶皱厚度：常用的是三头肌褶皱厚度，即左上臂背部中点约2cm用手去除皮褶，用皮褶厚度计测量距离姆指1cm皮褶的根部厚度。厚度计每平方毫米的压力为10g。另外，用软尺测量左上臂从肩峰到尺骨鹰嘴长度中点的上臂围，按公式计算上臂肌围。上臂肌围（cm）=上臂围（cm）-3.14×三头肌皮褶的厚度（cm）。与标准值相比，我国成年男性为24.8cm），90％；内部正常，80～90％；为轻度缺乏，60～80％；中度缺乏，〈60％；严重缺乏。
临床检查营养缺乏症的临床症状为特异性和非特异性。根据患者的面部、体重和精神状态，可以初步估计其营养状况。然后详细检查头发、眼睛、嘴唇、口腔和皮肤，进一步确定哪些营养物质缺乏。
心电图检查：脚气病、钾缺乏、硒缺乏（克山病）累及心脏，心电图检查有助于诊断和治疗。
虽然暗适应是维生素A维生素的主要生理作用A缺乏时适应时间延长，但实际上暗适应计的应用对受试者的主观和心理影响很大，方法繁琐，推广难度大。
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