火烧圆明园的罪魁祸首是英国额尔金伯爵(James Bruce, the 8th Earl of Elgin)。额尔金下令烧毁圆明园，是为了报复清政府逮捕公使和劣待战俘。1860年9月，英国公使巴夏礼(Harry Parkes)和额尔金的私人秘书洛奇(Henry Loch) 打着停战的白旗前往通县和清政府谈判，被载垣、僧格林沁逮捕。和此前被伏击活捉的一队英法联军士兵一起押到北京，监禁了一个多月。满清皇帝和政府一直把巴夏礼看着英法联军的最高统帅，根据“擒贼先擒王”的传统计谋，他们在通州谈判之前就计划诱擒巴夏礼，期望巴夏礼就擒之后，英法联军群龙无首，必定自乱，然后乘机大举进剿，稳操胜券。监禁期间，这些人被百般拷打，肆意凌辱。39名囚犯中，有20人在监禁中死去，其中包括《伦敦泰晤士报》记者包尔比(Thomas Bowlby)。
额尔金得知清政府的暴行以后，决意报复。额尔金准备烧毁紫禁城，后来他经过几天深思熟虑，选择了圆明园为报复行动的目标。额尔金决定烧毁圆明园，而不是紫禁城，另有深意。额尔金认为紫禁城是中国政府所在地（当时英法正与清政府方谈判《北京条约》）；而圆明园是皇家园林，为中国皇帝私有。额尔金想通过烧毁圆明园传递这样一个信息：应该为逮捕公使和劣待俘虏等暴行负责的是中国皇帝和他的走卒，而不是中国老百姓。报复行动的前几天，额尔金命令在北京全城张贴如下公告，宣示英法联军火烧圆明园的目的：“任何人——哪怕地位再高——犯下欺诈和暴行以后，都不能逃脱责任和惩罚；圆明园将于(1860年10月)18日被烧毁，作为对中国皇帝背信弃义的惩罚；只有清帝国政府应该对此负责，与暴行无关的百姓不必担心受到伤害。”(译自英文)
在焚毁圆明园的问题上，英法方面的意见并不一致，为此，英法首脑之间曾经有过一番争论。十月十六日，法国特使葛罗和军队统帅蒙托邦表示不同意焚毁圆明园，他们都认为焚烧圆明园非明智之举，圆明园只是一座未曾设防的“乡村景点”，烧掉它未免过分，如果真要烧掉什么的话，烧掉清政府最高权利机关——紫禁城，远胜过烧掉一座皇帝用来寻欢作乐的园林；他们还认为，圆明园是清帝行幸的离宫，并未设防，也不是敌占区，焚毁它属于无益的报复；另外，他们还担心这样做会 “将使恭亲王益增畏惧，不敢进行和议。”作为替代办法，葛罗和蒙托邦建议焚毁北京紫禁城，并劫取里面的文物典籍，他们认为这样做更有价值。
英国人和法国人的意见恰恰相反。额尔金认为：圆明园是大清皇帝最为倾心的住所，他的三分之二时间都在这里度过的，毁灭圆明园，是对皇帝一人的惩罚，是对他的尊严和感情最强有力的打击，实则是“害最小而最可行之策。”这当然只是表面上的说辞。作为英国特使，额尔金在这个问题是算过一笔账的：“若是单要求赔款，在这种扰乱的情形中，中国政府，除了搜刮民脂民膏以外，也付不出大笔款项。其次，若是要求清政府交出那班苛待英人，和破坏和约的人们，一些可怜的属员，也许要被呈献出来，作为替身了。假若要求僧格林沁本人，中国政府大约不能答应，更决不能实行。寻思推绎的结果，只有毁坏圆明园，似乎是唯一的办法，而这种惩罚，仅降在清帝一人身上，与人民无关。”另外一个重要原因是，圆明园内“几乎所有贵重物品都已经被拿走，军队到那里绝不是为了抢劫，而是通过一个庄严的补偿行动，来表明它被可恶的罪行所激起的憎恶和愤慨之情。”争论到最后，额尔金坚持要焚烧圆明园，而法国方面则决定不参与焚烧圆明园的行动。
第二次鸦片战争，清咸丰十年(1860)英法联军攻占北京后，于10月6日占据圆明园。中国守军寡不敌众，圆明园总管大臣文丰投福海自尽，住在园内的常嫔受惊身亡。英、法军队洗劫二天后，向城内开进。10月11日英军派出1200余名骑兵和一个步兵团，再次洗劫圆明园，英国全权代表詹姆士·布鲁斯以清政府曾将巴夏礼等囚于圆明园为借口，将焚毁圆明园列入议和先决条件。10月18日，3500名英军冲入圆明园，纵火焚烧圆明园，大火三日不灭，圆明园及附近的清漪园、静明园、静宜园、畅春园及海淀镇均被烧成一片废墟，安佑宫中，近300名太监、宫女、工匠葬身火海。成为世界文明史上罕见的暴行。
火烧圆明园，这是人们说惯了的一个提法。其实，火烧圆明园的真正概念，不仅是火烧圆明园，而是火烧京西皇家三山五园。焚毁的范围远远比圆明园大得多。
这三山五园是：万寿山、玉泉山、香山三山，清漪园、圆明园、畅春园、静明园、静宜园五园。
历史上侵略军火烧圆明园曾有两次。第一次火烧圆明园是清咸丰十年（1860年），英法联军入侵北京。英法联军到处烧杀抢掠、野蛮洗劫、焚毁了举世闻名的圆明园，园内寺庙建筑也大多被毁于火。英法联军火烧圆明园时，本意是将其夷为平地，但是由于圆明园园子的面积太大，景点分散，而且水域辽阔，一些偏僻之处和水中景点幸免于难。据同治十二年（1873年）冬查勘，园内尚存有建筑13处。如，圆明园的蓬岛瑶台、藏舟坞，绮春园的大宫门、正觉寺等。
第二次火烧圆明园是清光绪二十六年（1900年），八国联军入侵北京，再次放火烧圆明园，使这里残存的13处皇家宫殿建筑又遭掠夺焚劫。
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