肝素钠的作用是通过与人体的抗凝血活酶3结合形成抗凝血酶复合物，这样能够抑制凝血酶因子Ⅱ、Ⅸ、Ⅹ、Ⅺ、Ⅻ的活性，阻碍凝血活酶的生成，从而能够抑制凝血酶原形成凝血酶，可起到抗凝、抑制小板聚集，抑制纤维蛋白生成的作用。
临床上主要可用于治疗下肢深静脉血栓、肺动脉栓塞，动脉血栓栓塞症，血管介入手术的抗凝和深静脉置管的维护。
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