1、萌发菌本身质量问题，菌丝吃料不透撕开菌袋拌上果子后，很容易感染杂菌。
2、菌种本身纯度不够自带杂菌，发好的菌种颜色不一致，有其他颜色和拮抗线是菌种自身有杂菌。
3、还有一种是菌株本身退化，经过一级到三级生产，生产工艺的粗暴简单不合理，更加剧了退化。
4、萌发菌三级种老化，抗杂性和抗逆性降低，伴栽果子不能形成优势而被杂菌细菌所感染。
5、萌发菌储存运输过程中高温导致菌丝体脱水自溶，轻者在菌袋上面形成铁锈色斑块，重则菌袋软化感染绿霉，建议麻农高温季节来临之前购买菌种，防止运输中高温，运回及时散开存放阴凉地方备用。
6、运输、包装、储存中受挤压损伤易生热出现软化，感染绿霉。
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