安瓦尔被指控于2008年6月鸡奸自己的前助手，25岁的赛义夫。事后，赛义夫将安瓦尔告上法庭。根据马来西亚法律，在受理一桩案件并浏览证据后，法官有权决定是撤销指控还是要求原告进行辩护。这桩案件之所以进入辩护阶段，是因为法庭找到了一位目击证人。案件于2010年2月首次开庭审理。根据马来西亚法律，一旦罪名成立，安瓦尔将面临最高20年监禁。 马来西亚一家法院2012年1月9日裁决前副总理、反对党联盟领袖安瓦尔·易卜拉欣一项性犯罪罪名不成立。马来西亚政府称赞裁决结果表明司法系统“独立”。而安瓦尔说裁决结果令他本人“吃惊”，誓言把本届政府赶下台。
马来西亚上诉法院2014年3月7日推翻一项无罪判决，认定马来西亚反对派领袖安瓦尔·易卜拉欣一项性侵犯罪名成立，判处他5年监禁。诉法庭判处安瓦尔入狱5年，但同意暂缓执行判决，允许安瓦尔缴纳1万林吉特（约合3000美元）获取保释。 吉隆坡一家法院当天以举证安瓦尔的脱氧核糖核酸（DNA）样本可能受污为由，裁决安瓦尔无罪。法官穆罕默德·布哈里·阿兹兰当庭宣布，“法庭在这一阶段无法百分之百”采信控方提供的（DNA）样本，因此“没有证据佐证”指控。
安瓦尔先前被控在吉隆坡郊区一处住宅内对前私人助理赛义夫·巴哈里有鸡奸行为。如果罪名成立，安瓦尔可获判入狱最多20年。他坚决否认这一指控。调查人员说，DNA检测结果表明巴哈里身上找到的一些体液样本来自安瓦尔。法官穆罕默德·布哈里说，涉及“性犯罪”指控，法庭在没有确凿证据的情况下一般不予支持，所以宣判“被告无罪”。这一案件能否就此终结尚不确定。检方人员优素福·扎因·阿比登说，检方尚未决定是否上诉。安瓦尔1998年曾因贪污和鸡奸罪获刑，2004年获释。 2014年3月7日，马来西亚一家上诉法院以鸡奸罪判处该国反对派领导人安瓦尔·易卜拉欣(Anwar Ibrahim)五年监禁。批评人士称，法院之所以做出这一判决，是试图在执政党声望不断下降时，抑制反对派的上升势头。
66岁的安瓦尔原定于下周登记参加地方选举，如果获胜，他将掌管该国最富裕的州——雪兰莪州，该州目前处于反对派的控制之下。虽然安瓦尔将对法院的裁决提起上诉，并于3月14日获得保释，但这项定罪意味着他不得担任公职。
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