由于南斯拉夫各民族曾遭受不同大国的统治，有着不同的文化传统，如塞尔维亚、黑山、马其顿信仰东正教，克罗地亚和斯洛文尼亚信仰天主教，而波黑的穆斯林族和科索沃的阿尔巴尼亚族则信仰伊斯兰教，加上各列强历史上出于私利，经常在各民族中进行挑拨、制造争端，使得各民族之间存在不少矛盾。铁托逝世后，这些矛盾开始逐渐激化。
苏联东欧剧变也给南斯拉夫造成了巨大冲击。西方对欧洲这一共产党政权恨之入骨，利用南国内民族众多的国情多方插手推动南的分裂，南斯拉夫统一的核心南共联盟也开始瓦解，各共和国的分离主义力量日益强大并逐渐控制了当地的政权。一九九一年，图季曼领导的克罗地亚以及斯洛文尼亚两共和国率先宣布独立。在南斯拉夫民族矛盾日益激化的同时，西方国家出于意识形态和本身战略利益的考虑，决定不再支持南斯拉夫的统一。一九九二年一月，德国率先承认克罗地亚和斯洛文尼亚独立，整个欧盟也步其后尘。一九九一年十一月，马其顿宣布独立。一九九二年四月，波黑又宣布独立。
鉴于新的局势，原南斯拉夫仅存的塞尔维亚和黑山两个共和国于一九九二年宣布成立南斯拉夫联盟共和国，其面积和人口都只有原来的百分之四十左右，被称为“小南斯拉夫”或“第三南斯拉夫”。新的南联盟由于仍然是共产党政权，还是不为西方所接受，在成立伊始即面临困境。在外部势力的支持下，波黑爆发了塞尔维亚族、克罗地亚族和穆斯林族之间的战争，南联盟和塞尔维亚共和国总统米洛舍维奇采取强硬措施以维护国家统一，被西方指责为进行“种族清洗”，国家受到经济制裁，国内经济日益衰退，外交上也极其困难。
米洛舍维奇
一九九五年八月，以美国为首的北约悍然发动大规模空袭波黑塞族，塞尔维亚总统米洛舍维奇、克罗地亚总统图季曼和波黑总统伊泽特贝戈维奇一起在美国签署了《代顿和平协议》，波黑内战终于基本平息。之后，西方又利用南联盟科索沃地区的阿尔巴尼亚少数民族与塞族之间的冲突，继续对南联盟施压，从一九九九年三月二十四日起开始对南联盟进行大规模轰炸，制造了欧洲自二战以来最大的人道主义灾难。导致南斯拉夫巨大损失，在孤立无援的情况下，面对强敌，虽然南斯拉夫人民仍然同仇敌忾，但从国家长远利益考虑，南斯拉夫必然是悲剧的结局；米洛舍维奇最终成为所谓前南国际法庭的受审者，在没有律师的情况下作了自我辩护，实际上是在国际法庭对西方军事暴力作了控诉，米氏在没有宣判的情况下，因得不到令人信服的医疗而猝死。西方用各种手段包括军事暴力肢解南斯拉夫，最终获得成功，这是当代史上一个小国、弱国的悲剧。
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