1、收录情况不同：从收录情况来看，维普收录最久，万方收录时间最短，但是现刊万方收录最好，维普最近两年的很多期刊都没有了，特别是医学类的。
2、清晰度不同：文档的清晰度：万方最高，维普最差。文本清晰度关系到用户的满意度。主要原因是CNKI的使用范围、收入论文数量、质量、用户人数较之于万方数据库要优秀，基于CNKI指标更能反映出论文在学术市场的接受度。
3、使用方便性不同：知网和万方功能一样，维普使用不方便。万方的期刊浏览功能做的很好。《中国期刊全文数据库（CJFD）》截至2007年3月共收录了国内8127种期刊，全文文献总量已达2272万多篇，收录起始时间一般为1994年，个别追溯到1979年或创刊年，按学科分126个专题，内容每日累增。产品形式有网络形式、光盘形式、《中国期刊专题全文数据库光盘版》。
相同点都是知名文档搜集网站。提供CNKI源数据库、外文类、工业类、农业类、医药卫生类、经济类和教育类多种数据库。其中综合性数据库为中国期刊全文数据库、中国博士学位论文数据库、中国优秀硕士学位论文全文数据库、中国重要报纸全文数据库和中国重要会议文论全文数据库。
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