肾结核症状与病菌侵犯的部位，以及肾脏、输尿管、膀胱病变的程度有关，早期时往往没有任何明显的症状，只是化验尿液时才发现一些异常，如尿呈酸性，可见到少量蛋白、红细胞、白细胞，尿中还可查出结核杆菌，病人一般多是偶然体检时发现。
随着病变进一步发展，才慢慢出现以下症状：
1、尿频：尿频是大多数病人最早出现的症状，开始时主要夜间小便变得频繁，之后白天小便次数也逐渐增多，由每天
三、五次逐渐增多至十多次，最严重的时候，几乎是不能离开厕所，因为一直会想解小便。
小便时还会伴有灼热感和尿急。刚开始的尿频是由于含有脓细胞及结核杆菌的尿液刺激膀胱所引起，以后则是由于膀胱也感染到结核菌引起。
2、血尿：血尿也是肾结核的重要症状，多在尿频、尿急、尿痛等症状后出现，但也有些病人一开始就出现血尿。
血尿有可能来自肾脏，但多数来自膀胱。
病人常为终末血尿，多是由于小便时膀胱收缩使得结核病灶出血所致。少数病人由于结核病变侵及肾脏血管，从而出现全血尿，不伴有任何症状，如果肾脏出血严重，尿中的血凝块可引起肾绞痛。
3、脓尿：肾结核病人一般都有不同程度的脓尿，严重时尿液看上去像淘米水样，尿中含有乳酪样的碎屑或紊状物，显微镜下可见到大量脓细胞，尿中有时可混有血液，呈脓血尿。
4、腰痛和肿块：虽然肾结核主要病变在肾脏，但肾脏局部的症状却不多见，仅有少数肾脏受到严重破坏、梗阻，或输尿管被血块、乳酪样坏死物堵塞时，可引起腰部钝痛或绞痛，肾区摸到肿块。
5、生殖系统结核：肾结核往往会同时侵及生殖系统，半数以上的男性患者会同时合并生殖系统结核。
虽然病变主要从前列腺、精囊开始，但临床上表现最明显是附睾结核，附睾可摸到不规则的硬块，输精管结核病变时，变得粗硬并呈“串珠”样改变。
6、全身症状：全身症状大多不明显，只有在肾结核晚期，或同时还存在其他器官结核时，病人才出现发烧、盗汗、消瘦、贫血、虚弱、食欲不振等典型的结核症状。
严重的双侧肾结核，或肾结核对侧肾积水时，病人可出现贫血、水肿、恶心、呕吐、少尿等慢性肾功能不全的症状，甚至突然发生无尿。
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