耐药肺结核可以治愈，但治愈率相对较低，治疗难度大，疗程相对较长。耐药肺结核，尤其是耐多药肺结核，至少是指对异烟肼和利福平有耐药性的。现在有一些超级耐多药肺结核。除了这两种药物之外，它们对二线抗结核药物也有耐药性。
耐多药结核病的治疗成功率为百分之三十到百分之八十，影响治疗成功的因素包括:治疗持续18个月、全程督导治疗、手术切除、使用氟喹烯酮、无既往治疗史等。广泛耐药性结核病的总体预后很差。在制定耐药性肺结核的治疗方案时，应注意详细了解患者的用药史，并尽可能利用药物敏感试验的结果来进行指导治疗。
预防耐药肺结核发生的最佳策略是对初治涂阳病人进行良好管理，遵循早期、定期、充分、适度和综合治疗的原则。
另一方面，要加强对耐多药肺结核的及时发现，并给予合理治疗，防止其扩散。
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