1.成人：最严重的不良反应包括贫血症（必要时输血），嗜中性白细胞减少症和白细胞减少。当高剂量用药（1200-1500mg/天）或晚期HIV患者（尤其是治疗前骨髓储量小的患者），特别是CD4+细胞数低于100/mm3患者易出现上述不良反应。必要时减少用药量或停止治疗（参照用法用量）。
用本品治疗前嗜中性粒细胞数、血红蛋白和血清中维生素B12低的患者，与对乙酰氨基酚同用的患者（参照药物相互作用），嗜中性白细胞减少症发生率增加。
大规模安慰剂对照临床研究中常见的其它不良反应包括恶心、呕吐、厌食、腹痛、头痛、皮疹、低烧、肌痛、异感症，失眠，不适，虚弱，消化不良。
其中恶心是应用齐多夫定时最常见的不良反应，其它的不良反应发生率报道的并非均比安慰剂组高。晚期HIV患者用本品治疗时常见的不良反应有严重头痛，肌痛，失眠。
早期HIV患者用本品治疗时常见的不良反应有呕吐，厌食，不适和虚弱。其它出现的不良反应包括瞌睡，腹泻，头晕，多汗，呼吸困难，肠胃胀气，味觉异常，胸痛，智力下降，焦虑，尿频，抑郁症，全身疼痛，寒战，咳嗽，荨麻疹，瘙痒和流感样综合症。这些不良反应和其它偶见不良反应发生率安慰剂组和治疗组相似。安慰剂对照研究和开放研究表明服用本品几周后恶心和其它常见不良反应发生率都会降低。服用本品的患者有可能出现下列事件：肌病；各类血细胞减少伴随骨髓再生不良和单一的血小板减少症；乳酸中毒；肝病如伴有脂肪变性的严重的肝肿大；血中肝酶浓度和胆红素升高；胰腺炎；指甲、皮肤和口腔粘膜色素沉着。上述症状可能是疾病发展的表现也可能是服用本品出现的不良反应。
上述症状和应用本品之间的关系很难判定，特别是晚期HIV病患者应用本品治疗时。
如果症状严重，减少或暂停本品治疗也许有助于判定和处理这些症状。在开放试验中报道有患者出现惊厥和其它脑病。很难判定这些事件和使用本品之间的关系。重要证据表明本品对与HIV有关的神经系统紊乱有全面的益处。
2.儿童：因缺乏安慰剂对照，感染HIV的儿童患者的不良反应资料仅限于开放研究。
同成年人一样，最严重的不良反应包括贫血症（必要时输血），嗜中性白细胞减少症和白细胞减少症。
必要时调整剂量（参照用法用量）儿童应用本品的不良反应和成人应用本品的不良反应相似。
3.联合用药的不良反应本品和HIVD联合用药的安全性资料有限。医师应全面掌握HIVD性质和有关的不良反应。
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