简略说就是：
第一，消除政府机构人满为患现象，精简机构。
第二，由家长式的管理政府朝着服务型政府转变，更多领域实行放手，由市场决定，政府的职能转向为市场公众服务。
但是历次机构改革的目标都具有多重性和不确定性特征。
1982年机构改革的主要目标是解决经济建设中的领导体制问题，但同时又必须考虑领导班子的老化问题。
这就要求机构改革同时要解决三个问题：一是为了加强对经济工作的集中领导，提高工作效率，需要通过精简机构裁减冗员，解决多头管理，推诿扯皮、职责不清的问题；二是要适应经济建设的需要，废除领导职务终身制，解决领导班子的新老交替和年轻化问题；三是要针对机关干部知识素质和专业管理水平不适应的状况，加强干部的培训工作。这三项任务交织在一起，实际上增加了改革的复杂性和艰巨性。从当时的历史条件来看，机构改革所面临的问题，既有多年积累下来的老问题，又有改革开放和经济建设提出的新矛盾，既有我们对改革认识的局限性，又有干部对改革的实际承受能力有限的问题。因此，这次改革的成效并不明显。
1988年以后的几次机构改革，中央逐渐地把机构改革的目标集中在政府职能的战略转变上，它不同于精兵简政只涉及政府内部的改革问题，而是要解决政府与市场、政府与企业的关系、政府与社会的关系，并在调整上述关系中，推进行政体制改革。
1993年、1998年和2003年三次机构改革，是比较成功的，很重要的一个原因是实事求是地确定了改革目标。1993年机构改革是在明确建立社会主义市场经济新体制的条件下进行的，按照社会主义市场经济的要求转变政府职能，是这次改革成功的关键。
1998年的机构改革仍然坚持了政府职能转变的目标定位，但这次的侧重点是以优化政府组织结构为具体目标：建立办事高效、运转协调、行为规范的行政管理体系，完善国家公务员制度，建设高素质的专业化行政管理干部队伍，逐步建立适应社会主义市场经济体制的有中国特色的行政管理体制。
2003年明确提出了深化行政管理体制改革的目标就是，建立与社会主义市场经济相适应，与社会主义民主政治相配套，行为规范、运转协调、公正透明、廉政高效的行政管理体制；明确了政府职能定位是经济调节、市场监管、社会管理、公共服务的四项主要职能；提出机构改革的重点是：紧紧围绕政府职能转变这个主题，深化国有资产管理体制改革，完善宏观调控体系，健全金融监管体制，继续推进流通管理体制改革，加强食品安全和安全生产监管体制建设。通过优化政府内部组织结构，促使同类管理职能的集中化和一体化，打破部门分割状态，构建新的职能体系和协调运转机制。
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