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核酸杂交方法是一种分子生物学的标准技术，用于检测DNA或RNA分子的特定序列（靶序列）。经典的核酸杂交方法是将DNA或RNA先转移并固定到硝酸纤维素或尼龙膜上，与其互补的单链DNA或RNA探针用放射性或非放射性标记，在膜上杂交时，探针通过氢键与其互补的靶序列结合，洗去未结合的游离探针后，经放射自显影或显色反应检测特异结合的探针。
经典的核算杂交方法主要包括：DNA印迹杂交（Southern blot）RNA印迹杂交(Northern blot)以及斑点杂交和原位杂交：
1、 DNA印迹杂交（DNA blot hybridization）——有两种核酸印迹法：
将DNA或RNA溶液直接点样于硝酸纤维素膜或尼龙膜上（斑点或狭线印迹）
经琼脂糖凝胶电泳将片段的DNA或RNA转移到膜上（Southern和Northern印迹法）。DNA在电泳前先用限制性内切酶消化。
2、 RNA印迹杂交（RNA blot hybridization）：
RNA印迹杂交是一种检测已固定在滤膜上的总RNA或mRNA特定靶序列的技术。
3、 斑点杂交
将少量核酸样品点样在硝酸纤维素滤膜上，80℃烘烤后可牢固地固定在膜上，再用探针进行杂交。尼龙膜，特别是聚偏氟乙烯（PVDF）与DNA结合力更高，坚韧、易操作。点样可手工，也可用手工点样品。检测可用放射性探针自显影或非放射性探针显色。可用于DNA或RNA分析。
4、 原位杂交
在保持细胞形态条件下，进行细胞内杂交，显影或显色。可用于DNA或RNA分析。荧光原位杂交（FISH）进行染色体DNA分析可用于生物学研究的许多领域以及临床细胞遗传学研究。其主要优点是不仅可以在细胞分裂的中期，而且可在分裂间期核中诊断染色体的变化。
广义的核酸杂交就是指非同源的核酸分子间的复性（氢键结合）过程。因此可以说，目前的基因检测技术，除了质普法外都或多或少的涉及了核酸杂交原理。如PCR的引物复性过程、基因芯片的杂交检测过程、基因测序的引物复性过程以及各种SNP检测方法等等。
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