锡亚琴冰川地区为印巴冲突地区，自1947年印巴克什米尔争端爆发后，这里始终是世界上海拔最高的对峙阵地，双方均在这里设有重兵，并多次发生血战。
1949年，印巴两国签署了《卡拉奇协定》，就双方在克什米尔地区划定停火线达成一致。这条后来被称为“实际控制线”的停火线，将存在争议的克什米尔地区分为印控、巴控两个部分，但却只划到锡亚琴冰川南端，而《卡拉奇协定》中仅模糊地提到停火线将继续“向北直到冰川”。作为印巴第三次战争结果的《西姆拉条约》也未明确划定锡亚琴冰川界线。
1962年中国和巴基斯坦划分边界时确定两国边界延伸到锡亚琴冰川东北的喀喇昆仑山后，当时印度政府未表示异议。
从1981年开始，印巴双方分别派出巡逻队抵达锡亚琴冰川地区进行侦察和适应性训练，同时到欧洲国家采购高海拔作战的专用设备，为部队长期驻守进行物质准备。
1983年，印度军队偷偷开进了锡亚琴冰川地区，开始在此设立据点。翌年，印军又发动了“梅夫道”战役，抢占了冰川的两个山口——具有战略意义的锡亚拉山口和比拉方德山口，基本上控制了该地区，而巴基斯坦只控制了南边的哥央拉山口。在1984年的战争中，双方各有2个师参战，大约有1万名士兵死亡。
1984-2003年来，印度和巴基斯坦在这里数次交火，直到2003年11月双方才实现停火。
自印巴2004年启动全面对话进程后，巴方一直要求印度减少在印控克什米尔地区的驻军。至2013年，在克什米尔实际控制线印方一侧，锡亚琴冰川仍为印军14团防区之一。印巴双方仍在对峙。
2007年9月，印度政府宣布在印度与中国、印度与尼泊尔之间边界和与巴控克什米尔交界处的各个世界级高峰附近开辟200条旅游探险线路，包括4条在锡亚琴冰川的旅游项目，并将其纳入国家计划。
2011年5月31日，印度和巴基斯坦两国的谈判代表在新德里结束了为期两天的有关锡亚琴冰川问题的谈判。双方在联合声明中表示，两国将再次在伊斯兰堡继续有关的谈判，以寻求结束两国军队在锡亚琴冰川地区的对峙。
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